Turut takziyah di kediaman almarhum antara lain: Imam Besar Masjid Istiqlal H. Nazaruddin Umar, KH. Sukron Makmun (pimpinan Ponpes Daarul Rahman), Habib Abdurrahman Alhabsyi (Kwitang), Ustadz Adiwarman Karim, Ustadz Cholil Nafis, dan para ulama lainnya.
Berdasarkan keterangan Dr. KH. Ali Nurdin, MA (Wakil Ketua Yayasan Darus Sunnah), mewakili pihak keluarga almarhum, KH. Ali Mustafa Yaqub meninggal pada pukul 06.00 WIB di RS Hermina, Ciputat, Banten. Sebelum ajal menjemputnya, beliau tidak dalam keadaan sakit.
"Bapak hanya kecapekan saja. Dalam minggu-minggu ini, aktivitas dakwah beliau memang cukup padat. Hari Jumat hingga Ahad, beliau ceramah di Palembang, lalu hari Senin mengisi di tempat lain. Kemudian, Selasa mengisi ceramah di Masjid A. Latief di Blok M, malam Rabunya mengisi di Masjid Sunda kelapa, Menteng, Jakarta-Pusat. Dan hari Rabunya, beliau istirahat di rumah. "
Pada malam Kamis, kiai tidak bisa tidur. Bahkan saat Subuh, beliau masih shalat berjamaah bersama santrinya. Usai shalat Subuh, saat pulang ke rumah, kiai ke kamar mandi, lalu ke tempat tidurnya. Ketika itu, beliau dalam keadaan lemas. Hingga istrinya membawa kiai ke Rumah Sakit Hermina, Ciputat. Saat ke rumah sakit, dokter menyatakan tidak ada gejala penyakit yang serius.
"Memang dulu beliau punya penyakit diabetes. Tapi itu sudah lama sekali. Yang jelas, beliau mengatur pola makannya, istirahat yang cukup, kemana-mana selalu bawa vitamin," kata KH Nurdin.
KH. Ali Mustafa Yaqub meninggalkan satu istri (Ulfa Uswatun Hasanah) dan anak laki-laki satu-satunya yang bernama Zia Ul Haramain. Saat ini, puteranya sedang studi di New York, Amerika Serikat. "Kami merasa kehilangan, beliau bukan hanya guru tapi sudah seperti orangtuanya sendiri." [isp]
